Die Stiftung Topographie des Terrors nimmt im Bereich der nationalen und internationalen Gedenkstätten umfassende Beratungs- und Koordinierungsaufgaben wahr. Innerhalb der Bundesrepublik ist das Gedenkstättenreferat der Stiftung die zentrale Koordinierungsstelle für Gedenkstätten und Gedenkstätten-Initiativen und fördert zunehmend auch die internationale Zusammenarbeit.
Insbesondere die in Kooperation mit anderen Trägern zweimal jährlich stattfindenden bundesweiten Gedenkstättenseminare dienen dem Informations- und Erfahrungsaustausch, der Weiterbildung und der Zusammenarbeit. Daneben werden zu speziellen Themen der NS-Zeit sowie zu aktuellen Fragen der Gedenkstättenarbeit und Erinnerungskultur Fachseminare und Fachtagungen angeboten. Hinzu kommt die regelmäßige Organisation internationaler Seminare und Symposien, die in Kooperation mit Gedenkstätten und einschlägigen Einrichtungen anderer Länder durchgeführt werden.
Kontinuierlich betreut und weiterentwickelt werden die beiden speziell für den Gedenkstättenbereich geschaffenen Kommunikationsforen: der GedenkstättenRundbrief erscheint viermal jährlich; die News-Seite des Online-Gedenkstättenforums wird täglich aktualisiert. Eine von der Stiftung erarbeitete internationale Gedenkstättenübersicht ist abrufbar unter www.gedenkstaettenuebersicht.de.
Freiwillige des FSJ Kultur arbeiten im Gedenkstättenreferat mit. Sie sind vorwiegend mit der redaktionellen Bearbeitung und Pflege des Online–Gedenkstättenforums befasst.
Dem Gedenkstättenreferat obliegt die Geschäftsführung der Arbeitsgemeinschaft KZ-Gedenkstätten in Deutschland. Außerdem organisiert es die regelmäßig tagenden Arbeitsgruppen der Gedenkstättenpädagogik und der Gedenkstättenbibliotheken.