Die Stiftung Topographie des Terrors nimmt ihrem Auftrag entsprechend vielfältige Beratungsaufgaben auf Landes- sowie auf Bundesebene wahr. Einen besonderen Schwerpunkt bilden die Beratung und inhaltliche Unterstützung bei der Errichtung oder Förderung von Gedenkstätten, Gedenk- und Erinnerungsorten.
Innerhalb der dezentralen deutschen Gedenkstättenlandschaft dienen die Programme des Gedenkstättenreferats der Stiftung einer professionellen bundesweiten Vernetzung. Darüber hinaus sind Mitarbeiter der Stiftung in Gremien anderer Gedenkstätten und einschlägiger Einrichtungen beratend tätig. Für die internationale Ebene ist insbesondere die Beteiligung der Stiftung an der „Task Force for International Cooperation on Holocaust Education, Remembrance and Research“ zu nennen, die 1998 in Stockholm gegründet worden ist.
Regional vernetzt ist die Stiftung Topographie des Terrors durch ihre Mitgliedschaft in der „Arbeitsgemeinschaft der Gedenkstätten in Berlin und Brandenburg” (AK I). Darüber hinaus besteht seit 2009 die „Ständige Konferenz der Leiter der NS-Gedenkstätten im Berliner Raum“, die auf Anregung des Bundes gegründet worden ist und in der die Leiter der Stiftung Topographie des Terrors, der Gedenk- und Bildungsstätte Haus der Wannsee-Konferenz, der Gedenkstätte Deutscher Widerstand, der Stiftung Denkmal für die ermordeten Juden Europas sowie der Gedenkstätte und Museum Sachsenhausen vertreten sind.
Im Rahmen der Durchführung von Veranstaltungen ist die Stiftung Topographie des Terrors aktiver Teil eines nationalen und internationalen Netzwerks von Gedenk- und Bildungsstätten, öffentlichen Einrichtungen, Verbänden und Stiftungen, die sich mit der Geschichte der nationalsozialistischen Vergangenheit befassen und historisch-politische Aufklärungsarbeit leisten. Die Stiftung führt ihre Veranstaltungen – vor allem Seminare und Konferenzen – oftmals gemeinsam mit anderen Partnern durch, zu denen auch die Bundeszentrale sowie die Landeszentralen für politische Bildung gehören. Umgekehrt ist die Stiftung Topographie des Terrors an einer Vielzahl von Veranstaltungen anderer Einrichtungen beteiligt und kooperiert zudem im Rahmen größerer Ausstellungsprojekte.