Das Kultusministerium war 1817 gegründet worden. Es übte die staatlichen Aufsichtsrechte gegenüber den Kirchen aus und war zuständig für das gesamte Unterrichtswesen von den Volksschulen bis zu den Universitäten. Im Laufe der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts wurden dem Kultusministerium stückweise alle Angelegenheiten der staatlichen Medizinalverwaltung übertragen. Diese Medizinalangelegenheiten gingen jedoch 1910 wieder an das Preußische Innenministerium zurück.

Das Kultusministerium stand im Zentrum des sogenannten "Kulturkampfes" , den sich der preußische Staat und in der Folge auch andere deutsche Bundesstaaten und das Reich ab 1870 mit der katholischen Kirche lieferten. Anlaß war der Protest katholischer Geistlicher und Laien gegen das Dogma von der Unfehlbarkeit des Papstes (1870). Disziplinarische Maßregelungen, die der Vatikan gegen diese Opponenten ergriff, führten zu staatlichen Gegenmaßnahmen. Nach der Auflösung der katholischen Abteilung im Kultusministerium wurde bis 1874 eine ganze Reihe von Gesetzen erlassen, die die Rechte der Kirche Stück für Stück beschnitten. Auf dem Höhepunkt der Auseinandersetzungen wurde der Jesuitenorden in Deutschland verboten und der Kirche die staatlichen Zuwendungen gestrichen.

Der "Kulturkampf" , den vor allem auch die Liberalen unterstützten, trug erheblich zur Konsolidierung der katholischen Zentrumspartei bei, die in diesen Jahren die Zahl ihrer Wähler verdoppeln konnte. Die Auseinandersetzungen wurden 1878 beendet. Sichtbares Zeichen für dieses Ende war der Rücktritt des Kultusministers Adalbert Falk.

Nach der Revolution 1918 wurde das "Ministerium der geistlichen und Unterrichtsangelegenheiten" in "Ministerium für Wissenschaft, Kunst und Volksbildung" umbenannt.

Nach der Machtübergabe an die Nationalsozialisten wurden die Kunstangelegenheiten dem "Reichsministerium für Volksaufklärung und Propaganda" übergeben. Das Kultusministerium hieß jetzt "Ministerium für Wissenschaft, Erziehung und Volksbildung" . Es wurde bereits am 1. Mai 1933 als "Reichs- und Preußisches Ministerium" für das ganze Reichsgebiet zuständig und hieß seit 1938 "Reichsministerium für Wissenschaft, Erziehung und Volksbildung" .

Das Gebäude wurde bis 1989 als Ministerium für Volksbildung der DDR genutzt. Es wurde bis 1989 von Margot Honecker geleitet.